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（1）管辖权产生的依据不同
仲裁机构的管辖权是非强制性的，是建立在双方当事人之间协议的基础上的，只有在当事人之间存在着将他们之间的争议提交仲裁的协议，仲裁机构才有权审理他们之间的争议。可见仲裁机构的管辖权来源于当事人之间的协议。另外，当事人之间的仲裁协议可以排除法院的管辖权。
（2）组织机构不同
仲裁机构一般都是民间性的组织，仲裁员不是由国家任命的，一般是由各常设机构列出仲裁人员名单，由双方当事人在仲裁员名单中指定。因此，对双方当事人来说，仲裁比诉讼具有较大的灵活性，有较多的自由。然而法院是国家的审判机关，是国家机器的主要组成部分，法院的法官都是由国家任命或选举产生，争议双方当事人都没有选择法官的自由。
（3）审级制度不同
各国的仲裁裁决一般都采用一审终审制，仲裁庭的裁决是终局裁决，双方当事人都不可以向法院起诉或向其他机关提示变更的请求（只有少数国家认为可以上诉，如《美国仲裁法案》的规定）。而法院诉讼一般都要二审以上才能终审。这便可能使争议长期得不到解决。
（4）外国仲裁裁决与法院判决在承认与执行方面有所不同：
一国的仲裁裁决或法院判决在本国国内执行两者无多大区别，它们都具有强制力，如果一方当事人不执行已生效的仲裁裁决或法院判决，另一方当事人都可向法院申请强制执行。但是。如果一国的仲裁决或法院判决需要得到另一国法院的承认并执行就必须有国家之间的条约或互惠关系为前提